医療費控除は、10万円を超えた医療費に対して、最高200万円が所得控除の対象になる。
※その年の総所得金額等が200万円未満の人は、総所得金額等の5％の金額
セルフメディケーション税制は、１万2000円を超えた「スイッチＯＴＣ医薬品」に対して、その超える部分の金額（8万8000円まで）が所得控除の対象になる。
今までは10万円も医療費がない場合は医療費控除の対象外になっていたが、セルフメディケーション税制の対象の医薬品の購入があれば、医療費控除の特例としての控除が使えるようになる。
医療費控除とセルフメディケーション税制の共通点は、「スイッチＯＴＣ医薬品」は両制度の対象になるが、すべての医薬品の購入が「スイッチＯＴＣ医薬品」に該当するわけではないこと。
例えば、「スイッチＯＴＣ医薬品」の対象であるバファリンもあれば、「スイッチＯＴＣ医薬品」の対象ではないバファリンもある。セルフメディケーション税制の対象になるのはあくまで「スイッチＯＴＣ医薬品」のみ。そのため、医療費控除が有利か、セルフメディケーション税制が有利か、細かくチェックする必要がある。
セルフメディケーション税制は、現行の医療費控除との選択制
つまり、どちらの控除を使うのかは、自分で有利判定をしなければならない。
有利判定として、セルフメディケーション税制の上限は8万8000円である。ということは、医療費控除が8万8000円以上ある場合は医療費控除がお得になる。つまり、医薬品の購入が10万円の場合と医療費の支払いが18万8000円の場合が同じ控除額となる。20万以上の医療費の支払いがあればその時点で医療費控除がお得になる。
そこで、有利判定としては、
①医薬品の購入が10万円の場合と医療費の支払いが18万8000円の場合の確認
※上記よりも少ない場合に有利判定をすることになる
②医療費が10万円以下の場合に、セルフメディケーション税制の対象になる医薬品の購入費が1万2000円以上あるかの確認
セルフメディケーション税制は、健康の維持増進や疾病予防に向けて一定の取組みをしている個人が「スイッチＯＴＣ医薬品」を購入した場合に、従来の医療費控除との選択により所得税や住民税の控除が受けられる制度である。
つまり、セルフメディケーション税制の条件
健康の維持増進や疾病予防に向けて一定の取組みをしている
「スイッチＯＴＣ医薬品」を購入
勘違いしてはいけないことは、「スイッチＯＴＣ医薬品」を購入しただけでは、この制度を選択できるわけではないこと。「一定の取り組み」をしていなければ対象外となる。
「一定の取組み」とは、(1)特定健康診査、(2)予防接種、(3)定期健康診断、(4)健康診査、(5)がん検診、などの検診等又は予防接種（医師の関与があるものに限る）をいう。また、「スイッチＯＴＣ薬」とは、これまで医師の処方箋が必要だった医療用医薬品を、街の薬局で処方箋なしで買えるようにしたもの。ＯＴＣは「Over The Counter」の略で、薬局のカウンターで買える薬、つまり市販薬のことを指す。
つまり、健康診断を受診したり、予防接種をしたような取り組みがなく、薬局で市販薬を買っただけでこの制度は適用できないということだ。健康な人がちょっと熱が出てバファリンを買った場合などは、この制度は適用できないことになる。
ちなみに、薬局に行けば、「スイッチＯＴＣ医薬品」に該当するかどうかわかると思うが、レシートに★マーク等で該当商品がわかるようになっているため、レシートをみて確認する必要がある。セルフメディケーション税制のことを考えれば、効能がそれほど差がなければ、「スイッチＯＴＣ医薬品」を購入しておいた方が後の選択肢が増えるのでいいだろう。